Im Deutschen Reich Bismarck’scher Prägung waren die Katholiken zu Minderheit geworden und sollten künftig auf Staat und Gesellschaft keinen Einfluss mehr nehmen können. Schmitz war somit als Priester vom Staat nicht zugelassen, und den vom strengen Jesuitenorden geprägten Priestern war es verboten worden, ihren Beruf auszuüben.

Trotzdem wurde Schmitz vom Trierer Bischof als Kaplan in Cues eingesetzt. Kaum hatte er seinen Dienst angetreten, kam prompt das amtliche Verbot. Da er im Volke sehr beliebt war, erhielt er von Cuesern Bürgern kostenlose private Unterkunft und Verpflegung. Heimlich erteilte er Religionsunterricht und hielt auch ebenso geheim die Messe. Näherte sich ein Gendarm, wurde ihm ein Zeichen gegeben, und die Kirche wurde schnell geschlossen. Die List fiel auf, und er wurde zu einer Geldstrafe und mit Arrest bestraft.

Dieses „Spiel“ wiederholte sich mehrmals, bis er „ .. polizeilich nach Schmidtheim b. Aachen abtransportiert wurde.“ Schließlich wanderte Schmitz nach Bayern aus. Auf seiner Reise dorthin besuchte er heimlich mitten in der Nacht, bei Wind und Wetter, seine Familie in Neef.

In Würzburg wurde er wohlwollend aufgenommen und in der Studentenseelsorge beschäftigt. Er errang schnell eine solche Achtung, dass Preußen die Auslieferung des inzwischen steckbrieflich gesuchten „Cuser Kaplanes“ beantragte, was der Bayerische Staat strikt ablehnte.

Schmitz wurde Redakteur der katholischen „Würzburger Volkszeitung“ und des „Bamberger Volksblattes“. So konnte er von Bayern aus hemmungslos gegen die Bismarcksche Politik Stellung nehmen.

Als der sogenannte „Kulturkampf“ abflaute, konnte er letztendlich wieder in heimatliche Gefilde zurückkommen. Er war Pfarrer in Halsenbach und danach in Kell. Von einer schweren Krankheit gezeichnet, kam er schließlich in seinen Heimatort Neef zurück, wo er am 10.05.1909 verstarb und auf dem Neefer Petersberg seine letzte Ruhestätte fand.